第二幕：厄普西隆紀元

1984年9月1日，早已成為蘇維埃美利堅聯邦長官的蘇聯將軍得到情報，尚未俘虜的卡維利將軍正在策劃一場大規模起義，當地指揮官庫可夫和雷澤諾夫請求其部隊查清潛在的威脅，然而，不久後大批美國反抗軍便對斯大林頓發動進攻，蘇聯將軍不得不率領部隊反擊並等待著里士滿駐軍的增援，但殊不知在交戰期間，有另一雙眼睛正在暗處觀察著一切。激戰過後，來自里士滿的援軍終於趕到了斯大林頓，但就在一瞬間整個斯大林頓便失去聯絡，蘇聯將軍的作戰系統也被掐斷，一支大型不明部隊坐收漁翁之利攻陷了這裡。庫可夫和雷澤諾夫兩位上校意識到了大事不妙，便立即展開了一場緊急救援行動……

而在這同一天，莫斯科正在舉行慶祝第三次世界大戰勝利的閱兵式，但是尤里依然從陰影中歸來，並打算劫持整個莫斯科，一隊開發完成的隱形魔影坦克在異教的指揮下成功潛入進城，隨著核子反應爐被摧毀導致斷電，厄普西隆軍趁機迅速突襲了莫斯科，盛大的閱兵式瞬間亂作一團，在混亂中，羅曼諾夫總理也被厄普西隆軍刺殺，緊接著，天蠍組織也攻入城內配合心靈軍團的進攻，閱兵式上的八臺未武裝的白楊M發射臺均被厄普西隆軍控制並帶走。在此之後，蘇俄的謊言便在全世介面前昭然若揭，厄普西隆軍也在這些白楊M發射臺中獲取了有價值的科技，“死神之手”在此時也開始研究建設。

尤里也再次回到克里姆林宮且成為了這座宮殿的主人，而失去了總理和莫斯科的蘇維埃俄羅斯就像一個無頭巨人，沒有了首腦的指揮排程，其做出的任何反擊就像張牙舞爪地掙扎一般。

與此同時，天蠍組織也開始積極配合心靈軍團帶隊全球攻勢，斯大林頓和莫斯科兩座重要總部已經陷落，只剩下拉丁同盟在摩洛哥-卡薩布蘭卡的非洲遠征軍總部了。

駐非美軍因為有了倫敦要塞的援助所以得以站出來與蘇軍爭鋒相對，此時當地的蘇軍也正籌劃將當地的駐非美軍永遠抹除，而當政變陰雲在莫斯科上空凝聚時，天蠍組織也做好了行動準備，而一旦蘇軍成功剿滅當地所有美軍，將造成不平衡的局面，這不利於天蠍組織的行動，因此其決定早些行動，爭取將這種局勢扼殺在萌芽狀態。突襲行動在兩軍交戰之際開始，行動也十分順利，拉丁同盟基地內的雷達球均被摧毀，自此失去了與薩拉戈薩總部的聯絡，而剩餘的美軍在戰後均被落入心靈控制，這次行動給了蘇俄在非洲的統治毀滅性打擊，而好不容易在夾縫中生存的駐非美軍則再次落入低谷，同時也間接地使盟軍和蘇軍之前同時失去彼此的訊息，這也意味著天蠍組織即將獲得非洲大陸的絕對統治。

厄普西隆軍的一系列行動給了拉丁同盟和蘇俄沉重的打擊，尤里在莫斯科建立了心靈信標並確立了自已的統治，天蠍組織也宣告崛起並一雪前恥，隨著蘇聯分別在亞洲，美洲，非洲的三大指揮中心的陷落，蘇軍頓時亂作一團，盟軍此時也得知了其因為不明原因而陷入混亂。

事故發生後不久，雷澤諾夫和庫可夫上校便展開了行動，透過偵察發現了蘇聯將軍以及一隊尚未被控制的部隊的關押地點，他們也明白了襲擊斯大林頓的正是叛徒尤里的部隊，他們帶隊成功解救出了蘇聯將軍並聯絡了增援部隊，最後將軍同志得以乘坐基洛夫指揮艦離開並與東海岸的大部隊會和。而庫可夫和雷澤諾夫上校留在了斯大林頓，他們必須要重組軍隊並查清尤里的計劃是什麼，不管怎樣，尤里無法控制安全歸來的蘇聯將軍了。

在與其他戰友成功匯合後，蘇聯將軍便從他們那裡得知了可怕的訊息，莫斯科已經被厄普西隆佔領，總理已經犧牲，拉丁同盟在非洲的據點也因不明原因被盡數摧毀，局勢對於蘇聯來說已經不容樂觀，但是好在蘇俄並沒有全境淪陷，全國各地的反抗者們依舊在抵抗厄普西隆軍，蘇軍還有反擊的餘地，然而，蘇聯將軍在不久後便收到了另一個壞訊息：尤里計劃將蘇聯的優秀指揮員及戰鬥英雄們逐個趕盡殺絕，而他們的下一個目標便是莫拉萊斯上校，他已經在里約發出求救訊號並與心靈軍團周旋。其也掌握了部分關於厄普西隆軍的情報，但是當務之急是將他撤到安全的地方，否則便會像鮑里斯那樣命喪黃泉，雙方約定在里約熱內盧碰面，蘇聯將軍就此展開行動。

另一方面，蘇聯在歐洲的統治已經動搖了兩年，雖然這段時間他們正重新部署軍隊，但是其軍隊之間的通訊卻亂作一團，盟軍在此期間也偵測到在世界各地的異常訊號。

1984年9月5日，盟軍得到了最新的情報顯示，兩年前被蘇軍俘虜的譚雅正關押在波蘭-華沙要塞內，但是蘇軍在此軍力重重，盟軍難以發動大規模突襲進行營救，但幸運的是這兩年間盟軍的科技突飛猛進，西格弗裡德於是背上新研製的超時空揹包親自隻身前往救援，最後透過超時空傳送科技，兩位英雄得以回到倫敦要塞，盟軍也算正式走出來黑森林核爆的陰影，並將超時空技術投入實戰。

然而對於盟軍來說，一場新的挑戰才剛剛開始，比蘇軍更要兇猛的敵人——厄普西隆軍正在世界各地挑起戰火，而他們的下一個目標正是歐洲。

隨著蘇維埃聯盟內部的分裂，蘇俄和美洲和西歐的控制也漸漸土崩瓦解，拉丁同盟此時也做好了接管歐洲統治的準備，但因為上次戰爭的損失國大，其決定利用克隆缸來擴充薩拉戈薩的兵力，拉丁同盟基地內四座僅存的克隆缸便成為了厄普西隆的首要目標，他們不僅要奪回這幾座設施，而且要將舊金山人體實驗中研究成功的“大地新星”病毒投入實驗，一支滲透小隊將病毒注入克隆缸內，頓時，大量狂獸人被製造了出來，而那個最為優秀合適的樣本則創造了新生英雄——拉恩。

隨著拉恩加入厄普西隆軍，在之後的戰鬥可以獲得更多優勢，而薩拉戈薩要塞自然也被狂獸人所淹沒並淪陷，拉恩也順利撤離。

這次的行動有是對蘇軍的統治狠狠地來上了一記重拳，而對於損失慘重的拉丁同盟來說，經過了這次災難性的事變，之前在戰爭中吃下去的一切都被打得吐了出來。

不久後，厄普西隆軍便開始在歐洲展開大規模行動，但是尤里卻得知了一個壞訊息：一支蘇軍突擊隊成功突襲了心靈軍團在羅馬尼亞-布蘭是研究基地，他們破壞了當地的心靈信標使蘇軍都得以解放並反抗，而那座基地內的潘多拉樞紐則被蘇軍佔領且所有原型機都被摧毀，所幸的是，一輛心靈之主完成型撤了出來。在異教的指揮下，心靈之主依靠自身特性奪回了那座科研基地，而由於先前戰鬥中大量心靈專家被蘇軍針對並犧牲，因此這種有著一個巨型縫合大腦的心靈控制移動載具應運而生，在最後，厄普西隆軍在異教的指揮下成功奪回了這座基地，這場勝利使得心靈軍團可以安逸地研究新式武器，心靈之主也投入量產。

尤里在這之後便打算將目前的重點放在歐洲戰場上，盟軍已經龜縮在倫敦要塞太久了，他要設法摧毀他們最後的立足之地，而首先需要他們自已忙起來，突襲才能達到最佳效果。為了將盟軍主力軍引出倫敦要塞達成調虎離山，兩支部隊分別踏上了不同的方向，其中一支部隊便前往了羅馬，而那位異教尤里則另有安排，但是此時的羅馬仍然有蘇軍的實力盤踞在此，兩位異教的首要任務便是先讓他們臣服於尤里的意志，此時心靈軍團的裝甲部隊已經趕到義大利-羅馬，不久後便清剿了聖彼得大教堂廣場附近的所有蘇軍，而後，一座心靈信標增幅器便在廣場上平地而起，隨後蘇軍便向心靈信標增幅器發起了瘋狂的攻勢，但是他們也沒能辦到，隨著增幅器的成功啟動，羅馬也淪陷了。

這一行動勢必會引起倫敦要塞盟軍的注意，而那位傑出是盟軍指揮官也會在第一時間內被安排行動，誘餌已經佈下，坑害盟軍的計劃初步完成。

不久後倫敦要塞內的盟軍便偵測到了來自羅馬的異常訊號，中央司令部認為，如果這座心靈信標增幅器不被摧毀，不光英倫三島，整個歐洲都將受到威脅，更不用提悖論計劃的實施了，此時的盟軍也才回過神來，原來尤里早已叛逃蘇俄，這兩年期間關於一切蘇俄強大的情報竟都是尤里一手捏造的謊言，但這一切已經無法改變了，當務之急是羅馬的那座心靈信標增幅器。已經康復的譚雅和西格弗裡德透過超時空技術傳送到了羅馬，他們率先摧毀了控制當地盟軍的心靈信標並解放了他們，在當地也有一支被心靈控制是蘇俄軍隊，他們與厄普西隆軍共同組成了聯合部隊來守護這座裝置。在最後盟軍指揮官的帶領下，心靈信標增幅器被摧毀，所有在羅馬的蘇軍和厄普西隆軍也被剿滅，歐洲聯盟得以重建據點。

這次行動不僅解除了對倫敦的威脅，而且為悖論計劃最後階段爭取了時間，盟軍在此之後藉助超時空技術向歐洲大陸派遣了大量部隊主動出擊，但是殊不知盟軍正在步入尤里設好的陷阱。

此時蘇聯將軍的部隊已經趕到了巴西-里約熱內盧，失去蘇俄最高指揮部的智慧排程，將軍同志只能依靠自已了，如果成功救出莫拉萊斯，這支部隊將會更有希望，然而與此同時，心靈軍團的部隊也正在逼近莫拉萊斯的位置，蘇聯將軍決定使用米格X噴氣機和富爾頓空對地回收裝置將其撤出，在莫拉萊斯成功離開後，這次戰鬥就贏下了一半。根據得到的情報，心靈軍團正以當地居民為物件做一些奇怪實驗，其中便涉及到了克隆缸這種設施，不管尤里在計劃什麼，蘇聯將軍決定將這些克隆缸摧毀，支援部隊最終摧毀了城市內的所有克隆缸，而莫拉萊斯已經前往安全的地方，這場營救可謂是千鈞一髮。在安頓妥當後，莫拉萊斯提供了在里約行動的相關報告，他在報告中提及心靈軍團將一名女性封鎖在了生化罐中，但這枚生化罐已經在核爆中被摧毀，故蘇軍無從調節更多細節。

在此之後，蘇聯開始調整自已的所有部隊，大部分尚未被心靈控制的拉丁同盟部隊基本全部從南美洲撤離，與其他蘇聯部隊一同準備下一步的行動。

在此期間，心靈軍團佔領了蘇軍從盟軍手中奪取的一座科研基地，蘇俄曾經嘗試去完成基地內的梭魚原型機，但是失敗了，現在，盟軍打算從厄普西隆手中奪回這些科技材料，一旦厄普西隆的科研人員完成這些專案再結合自身的科技加以強化，英吉利海峽的短劍防禦系統都無法阻攔，不言而喻，盟軍也需要梭魚計劃來打擊厄普西隆在歐洲的部隊。盟軍的部隊趕到了挪威-頓訥爾蘭河谷，也就是研究基地附近，他們不得不與厄普西隆軍和當地被控制的歐洲聯盟部隊交戰，期間還要阻止運輸梭魚計劃技術資料的卡瑪茲貨車，交戰期間所以卡瑪茲貨車都被盟軍部隊攔截並摧毀與梭魚轟炸機相關的科技材料均被成功回收。

此時的異教得到了尤里的訊息，他告訴其在當初黑森林核爆時，盟軍只來得及轉走部分研究成果，而剩下的，都隨著命運科技實驗室的毀滅而不復存在了。但事實並非如此，這牽扯到異教在日本從金川工業基地內所獲得的情報，尤里得知命運科技實驗大樓地下有一個神秘裝置，這個裝置便是超時空傳送儀初號機，厄普西隆的下一步計劃正需要他。但此時的蘇軍已經發現了這個裝置並前往那裡成功奪走，可以說自從二戰時期，他們就計劃掠奪超時空技術的相關產物，但是現在，厄普西隆軍必須將其搶回來。

雖然先遣隊失敗並被蘇軍包圍，但是尤里並不會就此放棄，他派出了兩個王牌—拉恩和馬爾翁前往了德國-博登湖，這是兩人的第一次合作，也是最後一次。在登陸後兩人成功與被圍困的先遣隊會合並在異教的指揮下從蘇軍手中成功奪回超時空傳送儀初號機，而後，拉什迪便派出了鑽地運輸車將其拆解並回收，如此一來，厄普西隆軍的下一步行動所具備的條件都齊全了。雖然厄普西隆軍並沒有能力讓這個初號機與第二代傳送儀相媲美，但是對其來說這已經取得了絕佳的優勢。

在此期間，法國-戛納已經被心靈軍團佔領，之前盟軍在此處抵抗的三叉戟戰列艦艦隊也被尤里掌控，盟軍不得不派出軍隊前往那裡將其摧毀，禍不單行，參與悖論計劃的幾名金川工業科學家在這之前便來到了戛納，尤里很有可能從他們那裡得知了與悖論計劃相關的情報。譚雅率領了一支小隊趕到了戛納並解決了所有三叉戟戰列艦，而後，被營救出的金川工業科學家滲透了潘多拉樞紐和科技中心，並在一定程度上了解了尤里到底知道了什麼……一段時間後，當地的心靈軍團也被擊潰並撤離此處，戛納的解放戰鬥勝利了。

而根據這次戰鬥盟軍獲得的情報來看，除了傳導器之外，還沒有任何與悖論計劃相關的資訊洩露到尤里手中，而盟軍也得知了厄普西隆軍在摩洛哥建立了一座心靈信標增幅器。雖然這座心靈信標增幅器的影響範圍不足以造成致命威脅，但是它的存在無疑會延緩盟軍收復失地的進度，因此就在與此同時，盟軍指揮官被派往了那裡。

一支美國特種部隊在夜色下潛入至摩洛哥-布賴德附近，而這片土地，也曾經是美軍折戟沉沙的地方，如今他們將再次回到這裡一雪前恥，在盟軍指揮官的指揮排程下，天蠍組織被打得潰不成軍，然而在摧毀了當地的心靈信標後才發現那裡所謂被控制的美軍都是使用美軍軍備的天蠍組織士兵罷了，在最後盟軍不僅成功摧毀了當地的心靈信標增幅器，而且還恢復了與墨丘利衛星終端的連線。

幾乎就在等待盟軍指揮官離開倫敦的這個契機，尤里利用超時空傳送儀初號機將伊利卡拉要塞悄無聲息地送進了倫敦，倫敦要塞已經危在旦夕。他們的目的便是摧毀盟軍在這世界上的最後立足之地，當英國外國的軍隊被牽制時，伊利卡拉要塞將矛頭對準了命運科技機庫，只要摧毀了它，盟軍的實力將大大削弱！

此時的倫敦要塞已然變成了一片火海，由於內部出現了混亂，致使包圍許久是厄普西隆軍趁機接踵而至，但是盟軍依舊在沉著有序地反擊並爭取時間，但是伊利卡拉要塞的火力瓦解了一道又一道防護網，直至命運科技機庫的防護網消失的千鈞一髮之際，悖論計劃的最終成果—悖論引擎升空了。

這艘火力強大的空中戰艦利用其搭載的特殊功能，一舉擊落了伊利卡拉空中要塞，而這一切也正是尤里和異教從未考慮到的結果，此時的異教才回過神來，原來盟軍有條不紊的組織反擊，實際上是在等待盟軍主力登上悖論引擎然後升空撤離此處。

雖然目前為止英倫三島的淪陷只是個時間問題，但是這場戰爭對於異教來說絕對算不上勝利，自已不僅被擺了一道，而且盟軍的主力部隊也隨悖論引擎離開了倫敦，大事不妙了。

遠在摩洛哥的盟軍指揮官接到了緊急命令，倫敦要塞幾近淪陷，而心靈軍團則在悖論引擎的必經之路上佈置了大量防空火力及其軍隊以試圖攔截，現在對於盟軍來說情況也糟糕地無以復加，他們並不清楚尤里有何意圖 也不明白他的總部位於哪裡，倫敦要塞淪陷是遲早的事情，這支主力軍也是僅有是軍備成果了，原本悖論引擎只是針對擊垮蘇聯莫斯科政權的用處，但是隨著蘇聯的陷落，這個計劃變得毫無意義，倘若尤里還有MIDAS彈頭，那麼撤離到大洋上或許還有一線生機。

盟軍指揮官已經趕到錫利群島，而不久後悖論引擎也將抵達，西格弗裡德訓練的第一批超時空軍團兵正式投入實戰，他們要做的便是抹除群島內的所有厄普西隆防空力量……訓練成果很成功，在悖論引擎和盟軍主力到達之前，幾乎所有的防空火力均被抹除於世。隨後，悖論引擎便抵達了錫利群島，盟軍主力艦隊也清除了剩下的厄普西隆軍殘部，最後依靠時間靜止功能，悖論引擎得以安全透過錫利群島。

悖論引擎能夠脫離此次險情全靠自身的完好和完全運轉，但是由於是緊急起飛，悖論引擎的電池難以維持太長時間，不管尤里是否擁有MIDAS，厄普西隆起碼無法對盟軍發起直接進攻了，而盟軍擁有絕對的制海權，遠征軍也可以鬆一口氣了，然而，更多的挑戰還在等待著這支遠征軍。

悖論引擎的到來搗毀了心靈軍團在西歐的諸多基地，而位於非洲海岸線的厄普西隆軍也遭到了毀滅性的打擊，局勢自此突然開始逆轉，勝利的天平似乎開始向盟軍傾倒。

位於西班牙-薩拉戈薩的要塞也在打擊下被厄普西隆棄離，而後當地的克隆缸便陷入了無人維護的狀態，病毒也發生了異變，在高強度蔓延下，整個薩拉戈薩變成了名副其實的鬼城，而現在的拉什迪在摩洛哥-圖德拉河谷的科研基地也被瞄準，天蠍組織需要異教的幫助將這些新開發的原型機撤離，與此同時，拉什迪也開始準備自已的後路。

另一方面，雖然悖論引擎上的超時空傳送儀可以任意傳送部隊，新型的超時空軍團兵也令厄普西隆軍雪上加霜，但是，尤里似乎從這種新式科技上發現了一個機遇。隨著悖論遠征軍接近北非海岸線，大批歐洲聯盟的部隊被傳送到摩洛哥境內發動了攻勢，天蠍組織也開始奮起反抗。根據厄普西隆軍獲得的情報以及現有的實力來看，他們根本無法與悖論遠征軍匹敵，所以異教的首要目標是轉移所有的原型機以儲存厄普西隆軍的實力。雖然這座基地也在一段時間後被悖論遠征軍搗毀，但是所以原型機得以轉移，厄普西隆軍的損失並沒有如此慘烈。

就目前局勢來看，厄普西隆軍失去了大量的據點，但其仍舊開始重新整合，一些留下來於盟軍對抗，一些則去往了別的戰場，這一切也超出尤里的料想，他不得不準備提前打出自已的“王牌”。

而正所謂禍不單行，在悖論遠征軍給西歐和北非的厄普西隆軍施壓時，位於北美的美國反抗軍也因得到其援助開始蠢蠢欲動，更嚴重的是駐守在當地的厄普西隆軍的報告中竟然提到了蘇軍的行動？！情況對於厄普西隆軍來說已經是越來越不利，之前所向披靡的無敵之師目前為止只能處處被動挨打。

而由於在先前多次發動時間靜止來對敵人進行打擊，悖論引擎的能力已經明顯不能維持接下來的行動，他們需要一個安全的地方為悖論引擎充能，由於悖論引擎是盟軍有生力量最後的保障，因此其決定不能讓去悖論引擎深入非洲腹地進行充能，幸運的是一座島嶼正適合條件，心靈軍團在上面建造了許多生化反應爐。

一支先遣部隊突破了厄普西隆軍的海岸防線並登陸，盟軍工程師佔領了雷達旋塔併成功定位了生化反應爐的位置，隨後，悖論遠征軍便將其全部佔領。其中當地的心靈信標也被摧毀，悖論電池被傳送至此進行充能，先前被困於此的中國遠征軍得以解放並恢復意識，當地的居民也答應配合盟軍進入生化反應爐進行發電。當悖論電池充能完畢後，悖論引擎便抵達加那利群島-特內里費島，它再次發動了時間靜止將當地的厄普西隆軍全部凍結與時空中，在不久後，梭魚轟炸機中隊邊將厄普西隆的基地瞬間夷為平地。

此次戰役中出現的冷凍直升機和梭魚轟炸機也說明即便沒有倫敦要塞，盟軍的科技研究依舊沒有止步。

悖論遠征軍也開始策劃下一步的行動方案，這段時間盟軍投入了太多戰鬥，但是他們依然在為歐洲和非洲作戰的部隊提供支援或整編，在此期間，他們也與遠在美國作戰的反抗軍取得了聯絡，併為他們提供了許多新式武器來支援他們的行動，但由於種種原因，這支反抗軍最終沒能與悖論遠征軍會和。

蘇軍也得知了厄普西隆軍將重啟心靈信標增幅器專案，蘇軍別無選擇只能將其奪回，巧合的是當地美國反抗軍的目標也是它，他們試圖透過奪取這座裝置來恢復美國的領土，雖然芝加哥這片區域之前已經被MIDAS導彈摧毀，但是尤里卻隱瞞了真相，告知了除自已以外所有人這裡為危險區，其真正的目的還是重建心靈信標增幅器，這座心靈信標增幅器無疑是對蘇俄和蘇維埃美利堅統治的一個威脅，而當拉丁同盟的部隊趕到芝加哥廢墟時，美國反抗軍已經和厄普西隆軍打的不可開交。依靠自身絕對的指揮才能，蘇聯將軍麾下的拉丁同盟成功了，他們趕到心靈信標增幅器啟動前成功將其佔領。

這次行動的成功給了這支流浪各處的蘇軍足夠的喘息時間，鑑於在心靈信標增幅器啟動後，厄普西隆在北美的部隊也多少受到影響，因此他們決定採用自已的手段來阻擋蘇軍的攻勢。

雖然蘇軍對蘇維埃美利堅的統治得以繼續維持，但是縱觀大局他們依舊失去了諸多據點和家園，因此蘇俄不得不計劃尋求盟友的援助。

由於蘇軍佔領並啟動了心靈信標增幅器，在北美作戰的厄普西隆軍選擇撤離芝加哥前往底特律，他們在那裡建造了一座心靈信標以抵禦影響。不久後，拉丁同盟的部隊便定位了這座心靈信標，他們連同被控制的美軍一齊發動了進攻，但是卻被兩位異教合力擊退，隨後厄普西隆便定位了指揮當地蘇軍的蘇聯將軍，尤里下達了刺殺的命令，然而兩位異教並沒有成功。因此尤里為此感到了極度不滿，因為不除掉這位奇才將軍，將來很有可能會留下後患，正所謂禍不單行，不久後波士頓方面又傳來了壞訊息……

先前得到悖論遠征軍援助的美國反抗軍獲得了大量科技，因此他們的實力大增併成功奪回了波士頓的一座心靈信標，當地的一座厄普西隆基地也因此落入美軍手中，而基地內也有新研發的超級武器—心靈支配儀，目前還在開發階段，尤里不想讓自家新式武器落入敵手，因此兩位異教率領部隊從底特律趕到了波士頓。

心靈軍團首先摧毀了美軍手中的心靈信標，在重奪基地的指揮權之後，趕來的援軍一同剿滅了當地美軍，美國反抗軍因此受到重挫，悖論遠征軍也因此無法與他們會和。

這兩次行動的成功可謂是重創了美國反抗軍，但是隨著戰局的變化，總部守衛的部隊將參與亞洲行動以分攤壓力。

蘇軍此時也已經聯絡上中國，他們決定摒棄前嫌一起對付共同的敵人—厄普西隆軍，而在這之前，他們需要在新加坡舉行會談。隨著談判日的接近，中國率先提出了要求，那便是釋放先前被蘇軍俘獲的戰俘，蘇方同意了這一要求，然而，並不是所有人希望這些戰俘被釋放。雖然蘇俄全境大部分都淪陷了，但是遠東地區依舊相較於完好，雙方達成了一致戰俘運送活動將在濱海邊疆區-波格拉尼奇內展開，但是厄普西隆的軍隊已經重重包圍了這兩座前哨站，運送戰俘絕非易事，蘇軍的隊伍也在一批又一批地受到控制，因此沃爾科夫和契特卡伊前來協助此次任務，然而心靈軍團已然在當地部署了心靈信標，倘若它啟動了，蘇方此次行動所做的一切都將前功盡棄，所幸的是半機械組合行動妥當，大部分德拉庫夫監獄得以安全來到中國的前哨站，隨後便離開了此處將基地的指揮權交給了蘇方，而為了防止心靈軍團鎖定並追蹤撤離的中國，蘇軍一舉剿滅了當地的所有厄普西隆軍。這場勝利也為接下來的談判做了鋪墊作用，遠東地區在此之後也得以安寧，而至於剩餘的蘇軍，將會繼續守衛在此處提防敵人的到來。

三方會談日期如約而至，其部隊也在新加坡會和，然而在這之前情報證實馬六甲海峽附近有厄普西隆軍到活動跡象，尤里很有可能是想破壞此次會談順利進行，而一旦三方成功達成一致摒棄前嫌，共產主義國際將再一次重建，厄普西隆也將再次面對強大到紅色巨人，而保護新加坡國會的重任則落在了一向與蘇軍高層不和的蘇聯將軍肩上。蘇軍的情報一向是準確的，厄普西隆軍果然對新加坡發動了猛烈攻勢，但是蘇維埃聯合部隊展現出了無與倫比的驚人戰鬥力，厄普西隆軍即便使用渾身解數也沒能阻止這次會議的進行，戰場上蘇聯各方部隊表現出強大的決心和勇氣，共同默契抗敵，但是會議桌上的談判並沒有那麼順利，因為科技分享登因素，雙方自始至終無法達成一致。不管怎樣，共產主義國際的成員總算是真正意義上齊聚一堂，雖然沒有達成一致意見，但是至少緩和了之間的矛盾。

但是在會談的同時，原本在中亞地區偵測心靈軍團滲透活動的一位特工發現了一些可疑的訊息，他告知了有相同任務的庫可夫和雷澤諾夫上校，雙方就此在哈薩克邊疆某處會面，他們潛入至當地的基地，並發現了與沃爾科夫那樣的半機械人步兵，這也證實中國正在竊取蘇俄的科技而更可疑的是這位特工在這座基地裡潛伏的這段時間裡，基地內的所有人員都對新加坡和談的訊息一概不知雷澤諾夫和庫可夫立刻前去調查這令人擔憂的訊息，他們必須要查清製造這些半機械人的生產設施，與兩位上校接頭的特工佔領了基地內的原子核心，並竊取了半機械人的設計圖紙以及知悉了生產裝置的位置，之後他們便離開了這裡並向蘇聯高層報告了這些情報，蘇聯將軍在得到情報後被派遣至當地與其會和，而且這些半機械人的計劃也持續了一段時間，很有可能在濱海邊疆區防衛戰時就已經由雲茹負責並開始，但是在新加坡會談中中國代表並未對此公開，誰也不知道，尤里在被雙方共同擊敗後，CN是否會利用這些最新研發的科技來進攻蘇俄，進而奪走共產國際的領導地位，這些科技無疑是一些潛在的威脅，因此蘇方決定派出一支由兩位上校和蘇聯將軍率領的小隊前往那裡，奪取最新研發的科技並將已經完工的半機械人原型徹底摧毀。這支部隊使用了大量的中國軍備，因此當地基地內部隊被受到襲擊時第一時間並不會聯想到是蘇軍，他們滲透了原子核心後便定位了所有奈米離心機的位置，在竊取了相關科技之後，蘇軍便摧毀了生產這些半機械人的奈米離心機，所有試圖逃離的半機械人原型也被摧毀，在不明所以之間組建半機械人軍隊的計劃算是落空了，而蘇軍也獲得了“半機械人先驅”的生產藍圖，因此一個全新的對抗尤里的方法應運而生。

不久後，大部分在北美到蘇軍也在厄普西隆掌握美國後逃離，雖然蘇軍獲得了新式武器，但蘇俄高層認為這還遠遠不夠，他們需要更多用於反制厄普西隆的科技，另一邊，雖然CN與蘇俄的談判沒能成功，但是他們不可能再次開戰，幾乎掌握著整個遠東的中國或將是最不能小覷的對手，而盟軍也藉助著新式科技一路向南屢戰屢勝。

世界上幾乎所有的勢力都在用自已的方式對付厄普西隆，尤里已經感受到了不小的壓力，儘管他正在制定拖延盟軍的計劃，但眼下的中國也不能忽視，為了獲得關於中國的更多情報以便未來能夠應對，於是拉恩和兩位異教便收到尤里的命令，率部趕往菲律賓-萊特港的基地來刺探情報。行動很順利，拉恩成功將情報裝置連線至原子核心，然而獲得的情報令人意外，離港的中國太平洋艦隊的目的正是託託亞島，也就是厄普西隆在南太平洋的主要基地，同時也獲取了從未耳聞的關於克什米爾科研基地的情報，萊特港內的金川工業基地正印證了中國正在研究新型科技。

在這之後，拉恩便乘坐鑽地運輸車離開了菲律賓，南太平洋的託託亞島是尤里下一步計劃至關重要的關鍵點，而防禦中國的太平洋艦隊進攻的任務則交給了最為信任的異教，此時厄普西隆軍的部隊已經前往克什米爾基地進行調查，他們的目的是在種花家研發出更難對付的新科技前將這座基地摧毀。

不久前為對付盟軍不得不打出的“王牌”即將透過空降艙來到地球，但是其軌降地點被中國情報所成功計算，也就是託託亞島，雖然中國不知道空降艙裡是什麼，但是他們還是選擇去攔截。異教提前趕到了託託亞島，他配合當地的心靈軍團建立了防禦，守衛基地直至太空艙成功安全降落在基地內，至此厄普西隆軍籌劃許久的“王牌”—天秤正式登場。

之前關於天秤的研究生在月球要塞進行，她是由數名實驗體制造出來的，雖然研究尚未成功，但悖論遠征軍的出現讓尤里不得安寧，其迫不得已只好將她提前投入到計劃中。

另一方面，雖然託託亞島根本無法抵禦中國太平洋艦隊規模性的進攻，但天秤那毀滅性的心靈力量使所有進攻的部隊都失去了鬥志，隨後，中國的太平洋艦隊殘部便不得不撤離託託亞島，其分別登陸在託託亞島的三支中國部隊無一倖免。

此時的局勢開始悄然改變，倘若有所需要，厄普西隆軍可以將強大的天秤投入到任何戰場，但是缺陷也不可避免。

另一邊，蘇俄在經歷了一系列意想不到的轉折之後，蘇軍意識到自身需要更多機械化部隊和EMP科技來對付厄普西隆，這些科技只有中國那裡擁有，但是他們也拒絕分享。蘇俄也並不想和中國再次開打，因此他們決定偽裝成被控制的蘇軍進攻，一方面中國的主力艦隊也已經向南太平洋全軍開拔，正是奇襲的好機會，雖然蘇軍並不知道這支艦隊為何而行動。

蘇俄高層堅信上海指揮部內貯藏著諸多強大的科技，因此此次行動的首要目標便是他，並在取得科技後迅速撤離。

莫拉萊斯率先潛入市內，他摧毀了核子反應爐和電磁脈衝站，使得海岸防線癱瘓並解除了對裝甲的威脅，而在隨後他便撤離了此處。初步計劃成功後，蘇軍和拉丁同盟的部隊便展開了總攻，雙方分別從海陸發起了攻勢併成功建立起前哨站，一切看起來似乎都進行地十分順利，然而當蘇軍部隊成功突破海岸防線並登陸建立基地時，蘇聯將軍才發覺當地的中國指揮官是上次交過手的武秀榮將軍？！他很有可能看破了蘇軍的偽裝，這場戰鬥也需要速戰速決了。雖然武秀榮也是一位十分出色的將軍，但是在被稱為奇才的蘇聯將軍面前他還是略遜一籌，上海指揮部被蘇軍佔領，自已也被這支“厄普西隆軍”俘虜。但蘇軍並沒有在軍事司令部內發現任何新型科技圖紙，有用的情報反而招供後的武秀榮口中得知——克什米爾基地，這座基地正在開發新式科技，領導人正是首席科學家雲茹。

而在雙方交戰造就的混亂局勢之時，一架載著世界命運的千里馬運輸機已經悄然啟程。

蘇軍整理了這一戰中獲取的情報最後得出結論，雲茹率領的科研小組是一支獨立編制的高科技部隊，他們已經研究出了強大的百夫長攻城機甲和以鐵幕為核心的一系列武器，克什米爾基地內的中樞計算機便是貯藏新型科技的設施，由於蘇軍的部隊現在正處於上海未及時脫身，所以蘇聯將軍將指揮莫拉萊斯率領的一支拉丁同盟精銳部隊進攻。

然而事情並沒有蘇聯將軍想象中的那麼順利，在抵達克什米爾之前，雲茹便偵測到了他們的蹤跡，她利用技術手段干擾並篡改了蘇軍的情報，因此拉丁同盟的部隊趕到克什米爾時才恍然發現，敵人不只是雲茹的科研小組，還有兩支強大的中國部隊，以及厄普西隆軍的大量部隊，他們似乎也是為了科技而來。在三方混戰中，拉丁同盟丟失了對百夫長攻城機甲和雲茹的蹤跡，於是他們不得不將目標提前放在中樞計算機上，從而率先對克什米爾基地發動猛烈攻勢，經過了漫長而又激烈的混戰之後，蘇軍總算成功佔領克什米爾基地內的中樞計算機，而至於雲茹和百夫長攻城機甲，蘇軍推測他們已經被厄普西隆軍吞沒。但是事情卻出乎了所有人的預料，就在蘇軍搜查中樞計算機時，一場核爆吞噬了克什米爾的一切——最後一顆MIDAS彈頭現身了，三方勢力都不約而同遭受了慘烈的損失。

你永遠也無法侵佔我的家鄉。

當位於克什米爾的厄普西隆軍全軍覆沒的訊息傳到尤里那裡時也是令他十分地震驚，但是他透過心靈技術偵測到了雲茹還未被絞殺的蹤跡，隨即便準備派出天秤和異教繼續完成任務。

拉丁同盟的這支精銳部隊也皆殞命至此，莫拉萊斯上校也不例外，拉丁同盟經過這一戰便幾乎耗盡了自已的最後一滴血液，在這場致命打擊後蘇軍也確認雲茹已死，於是便整合部隊前往了歐洲。

可以說這是一場沒有勝利者的戰爭，克什米爾基地也被夷為平地，而至於雲茹，這也是她做好自已計劃的初步準備。

蘇軍並不知道為什麼雲茹會擁有最後一枚MIDAS彈頭，由於爆炸中一切都不復存在，因此底細他們無從追查，同樣的問題也在困擾著尤里，但對於尤里來說現在追查關於MIDAS的謎因是毫無意義的，此時厄普西隆軍已經偵測到百夫長攻城機甲和雲茹的具體位置，異教在之後便率領克什米爾僅剩的部隊前往追擊。

在佔領了克什米爾的空軍基地後，厄普西隆軍便在當地掌握了空軍力量，異教整合了十幾架狐步舞者戰機準備一舉摧毀百夫長攻城機甲，不料卻被鐵幕裝置給擋下了這次空襲，無奈之下，尤里只好啟用備用方案部署了天秤，她的到來使當地的敵軍迅速潰不成軍，鐵幕裝置也被摧毀，此時尤里也意識到，核爆影響了地下隧道的結構迫使雲茹在此滯留，因此他們有足夠的時間來摧毀百夫長攻城機甲，雖然先前發生的一系列意想不到的意外，即使是重如千斤的百夫長攻城機甲在面對天秤的重力場下如同棉花一般被掀翻在地變成一堆廢鐵。然而云茹並沒有如尤里所想在百夫長攻城機甲中，她的駭客技術再一次耍了尤里和異教，天秤在此後也開始追擊，但是卻被雲茹使用EMP干擾了穩定自已的CAS裝置，雲茹迅速離開了此處，隨後尚未蛻變為完成體的天秤便陷入了狂暴並在戰場上不分敵我地瘋狂屠戮，尤里別無他法只能改變當前的計劃，其中一支部隊繼續追擊雲茹一行人，另一支部隊由另一位異教率領，他們的目的便是以有限的資源回收恢復理智的天秤並將她撤離戰場以回到尤里的身邊。

雲茹在當地的科研軍隊以及中國正在與天秤交戰的混亂局面中使得這支部隊成功佔領了一座前哨站。

反觀異教那邊，面對狂暴的天秤一時半會也沒有辦法，但在極短的時間內，一種強效麻醉劑便被滲透者製造了出來，隨後其又竊取了一輛德拉庫夫監獄作為回收用具，一名病毒狙擊手也成功將麻醉劑注射進天秤體內，使她暫時鎮靜了下來。在最後德拉庫夫機動監獄將天秤回收時，一場滂沱大雨驟然降臨這支部隊伴隨著雨離開了克什米爾這場雨似乎也是上帝對天秤的同情。

這一切的淵源—雲茹和她的科研部隊已經失去了“家”和大量追隨者，而造就目前局勢的正是那次新加坡談判的失敗，倘若那次談判成功，她將面對共產主義國際公開自已的科研成果。但是事情的發展終究沒有如雲茹所願，眼下自已已經成為眾矢之的，她也看清了這場戰爭背後的最大敵人—尤里，與此同時，科技資訊，此時已經傳輸完畢，智慧人工作戰指揮系統沃克網已上線。

為了和命運抗爭到底，雲茹做了一個無法回頭的決定，因此，大反抗軍在克什米爾的動亂中悄然成立，但他們首先要做的就是護送創始人—雲茹離開克什米爾。

之前尤里派出的那支心靈軍團部隊已經近在咫尺，當地的中國部隊也接到命令前往克什米爾剿滅所有可疑的部隊，不同的三方勢力又一次混成了一團。

失去了百夫長攻城機甲的大反抗軍無疑是弱小且人力有限的，而他們必須要在這混亂的局面裡將雲茹護送到曼格拉水庫進行撤退，這是千里之行的第一步。

在經歷了重重困難之後，大反抗軍在沃克網的引導下來至曼格拉水庫，雲茹也在其掩護下乘坐豺狼載具安全離開克什米爾。

在世界的彼端，兩年前從日本逃離到澳大利亞的太平洋陣線部隊因收到厄普西隆幾個月以來的連續打擊被迫再次放棄大洋洲，所幸的是，遠在倫敦的倖存者們收到了他們的求救訊號，為回應盟友的需求，三方部隊準備穿越巴拿馬運河，前往美國附近維爾京群島上的科研基地進行會和，雖然這座基地研發的科技至關重要，所以一直隱秘地很好，但是厄普西隆軍的陰影即將囊括整個大西洋使得情況急轉直下，這座基地也隨之暴露並在不久後會收到猛攻，所以友川紀夫率領的那支部隊的任務不是會和而是防護。

而現在厄普西隆軍已經彙集各方被心靈控制的傀儡封鎖了巴拿馬運河，倘若不分秒必爭，那座科研基地也將受到毀滅性是打擊，因此悖論遠征軍最精銳的超時空突擊隊便出動了。

超時空突擊隊的目標便是摧毀巴拿馬運河兩岸上的火炮陣地，而厄普西隆海軍則交給同盟國聯軍的海軍梯隊處理，行動十分地順利，在兩岸的科技火炮陣地都被摧毀後，位於運河中央的防空陣地也失去了作用，同盟國聯軍海軍和太平洋陣線的求救部隊得以進入巴拿馬運河，在各方盟軍勢力的共同努力下，雖然這支部隊有所損失，但是主力部隊得以橫穿巴拿馬前往維爾京群島科研基地，這樣一來，分裂已久的太平洋陣線盟軍終於成功會和，他們即將與其他部隊前往那座科研基地保護盟軍最新研發的超級武器，但是這座基地放線在厄普西隆軍的進攻下瀕臨崩潰，悖論遠征軍又遠在非洲作戰西格弗裡德決定派遣一支分隊進行支援，另一方面剛從澳洲撤出的友川紀夫的部隊也將不久後趕到，作為報答，這座科研基地願意和悖論遠征軍分享最新的超級武器，友川紀夫也為太平洋陣線之前竊取美軍科技的行為表示歉意，為顧全大局，美軍方面還是接受了他們的道歉。在雙方的共同努力下，一道堅固是防線被建立了起來，並擊退了數波厄普西隆軍的攻勢，但是眼下還有更要緊的麻煩……此時，太平洋陣線研發的天氣控制機已經充能完畢準備就緒，在指揮部的一聲令下，附近島嶼上被控制的蘇軍基地瞬間被夷為平地，而另一輛盟軍基地車也成功傳送至該島並建立前哨基地。在佔領了蘇軍宮殿之後，一座戰士核彈發射井便赫然出現在盟軍雷達中，之前的麻煩正是心靈軍團部署在此時核威脅倘若他們成功發射核彈，後果將不堪設想，在各方陣營的戮力同心下，當地心靈信標被成功摧毀，被心靈控制的美軍和拉丁同盟都恢復了意識，其中美軍加入了太平洋陣線的陣營共同作戰，在之後盟軍的進攻便勢如破竹，心靈軍團皆被剿滅，考慮到科研基地的安全，盟軍還是消滅了依然在頑固抵抗的拉丁同盟。

這一戰後，盟軍終於擁有了比肩核彈發射井的大規模殺傷性戰術武器，即便沒有悖論引擎，他們也能依靠天氣控制機來從容面對敵人，雖然尤里進攻維爾京群島失敗了，但是他不會輕易放棄奪取科技的機會。

在經歷了一段時間的整頓後，太平洋陣線的流亡部隊也加入了悖論遠征軍，他們即將南下在西海岸與大部隊匯合並對厄普西隆在開普敦的大型海軍基地發動總攻，而在聖胡安艱難生存的美軍得知當地核彈發射井被摧毀後，即刻決定傳送SOS求救訊號以揭示自已的具體位置，為了團結一切力量，兩位太平洋陣線指揮官決定率部前往營救，波多黎各首府聖胡安早在第三次世界大戰中便被拉丁同盟攻佔，而厄普西隆軍的到來這裡更是徹底淪陷，如果不快速行動，他們不就是成為傀儡就是被徹底消滅，兩位指揮官率領的小隊成功潛入聖胡安市區，其隊伍中的先進反轉科技得以讓兩支小隊與美軍取得聯絡，隨後大撤退行動便開始了，雙方在港務大樓以及前哨站附近均建立了防線直至美軍全部脫線但考慮到防止厄普西隆繼續追擊，他們還是消滅當地的敵軍。

這一系列行動中，經過歐洲聯盟命運科技的幫助，太平洋陣線進展延緩的冰雹計劃得以完成，這標誌著冰雹攻城平臺可以量產投入戰場，另一邊，在克什米爾吃了一系列苦頭的尤里決定改變計劃，他撤出了大量留守在當地的部隊，準備趁中國深陷克什米爾事件時，出兵奪取其科技以更好地應對這個最大的威脅，同時鑑於南極總部還尚未收到嚴重威脅，尤里決定讓總部守衛的更多兵力投入到亞洲支援心靈軍團作戰，首先他們便將目光放到了沿海地區和日本佔領區。

總部守衛的部隊穿過東南亞海域接近了寬州海岸，兩位異教透過情報得知，這裡的生產線與別處不同，金川工業的設施也位於這座複合基地中，不久後，他們便成功登陸並摧毀了這裡的一切生產設施，厄普西隆對中國的作戰首戰告捷，但是尤里的其他敵人已經加快了行動步伐厄普西隆軍必須要擁有多方多線的作戰能力，且這次的勝利也不意味著中國會失去與厄普西隆長期抗衡的能力。

與此同時，金川工業發揮的作用便超出了尤里的預料，因而負責日本戰區的異教便得到命令，前往靜岡調查一座情報中提及的滿是總未見過的武器研究基地，第一支前往調查的心靈軍團部隊在建立前哨站後，當地的中國部隊便突然全體撤出了該地，然而，幾架實驗型重型炮艇便殲滅了這支軍隊。24小時後，總部守衛的支援部隊便再次抵達靜岡這一次他們有備而來併成功擊落了那些重型炮艇機，這一戰後尤里透過當地基地中的混合塔獲得了啟發，這為開發“埃列什基迦勒之手”提供了至關重要的資料。

中國在外的行動遭受了一系列的打擊，便不得不將精力放在家園的防護上，但他們沒想到這次日本的大撤離引起了當地太平洋陣線偽軍的不滿，尤里也並沒有想到這次奪走的科技也只是冰山一角，在不久後一支全新的勢力到達日本時會將這些科技盡收囊中，而當地大量流亡的太平洋陣線部隊也會加入這股勢力，此時天秤已經恢復了理智和意識，她依靠自已的讀心能力，揭示了尤里在內的所有人都無法預料到的事實，那便是拉什迪在許久之前就與中國有著自已的秘密協作，作為獲取先進科技技術的交換，拉什迪交給了雲茹一枚MIDAS彈頭，這也印證了在克麥羅沃州的地下掩體坍塌後導彈不翼而飛是現象，天蠍組織很有可能在尤里眼皮底下將其拆除運走，當初襲擊蘇軍基地的部隊中也有可能混入了天蠍組織的人，雖然尤里不知道拉什迪為什麼要這麼做，但是這無疑是一種背叛，憤怒的尤里決不允許放任此等行徑，就當厄普西隆軍在非洲部署心靈信標增幅器以控制天蠍組織時，卻總是被拉什迪神出鬼沒的軍隊一舉摧毀，尤里迫不得已只得再次打出自已的王牌，厄普西隆的一支精銳部隊便在異教的帶領下向幾內亞比索進發，帶隊的正是厄普西隆的王牌天秤和拉恩。

比紹正是天蠍組織的大本營，拉什迪的宮殿也深藏於此，而得到先進科技援助的天蠍組織想必又是一個強敵，但是三位厄普西隆的精英已經做好了迎戰的決心。

在此之前悖論引擎的出現讓其懷疑自已與尤里的合作事業是否可靠，天秤的到來也使拉什迪對厄普西隆的態度變得忌憚，拉什迪總有預備方案，於是他便部署了先前獲得的白楊M發射臺，但天蠍組織終究還是無法阻止厄普西隆的鐵蹄，其主力部隊都在這場屠殺中幾近團滅，拉什迪趁亂逃離了比紹，馬爾翁負傷後便率領殘部逃往了大漠深處，厄普西隆軍也認為拉什迪死於宮殿的廢墟之下，而待在心靈信標增幅器重建之時，剩餘的反抗者們都將屈服，然而事實只是拉什迪失去了與天蠍組織殘部的聯絡，馬爾翁也將繼續率領部下們在沙漠深處展開游擊戰……

但至少目前為止，厄普西隆眼下的威脅只是悖論引擎了，但是在戰鬥過程中，異教發現了幾座儲存不同尋常藥劑的工廠，在厄普西隆軍的審訊下，被俘虜的天蠍組織成員最終招供了，原來這是一種天蠍組織科學家新研製的神經毒素，這種神經毒素的作用是阻斷大腦皮層的部分功能，從而達到對心靈控制免疫的作用，雖然長期使用對身體損害極大，但這也是對抗厄普西隆軍極好的辦法，最終厄普西隆軍透過戰俘的口中得知，生產基地位於埃及-吉薩省，為了確保厄普西隆軍接管非洲的意向不受到威脅，兩位異教接到了命令前往當地對這些神經毒素廠進行銷燬，最終這些神經毒素廠和當地的毒爆蝨巢穴都被摧毀，天蠍組織似乎失去了一切對抗厄普西隆軍的籌碼，然而馬爾翁率領的那一批小隊不僅成功逃脫了厄普西隆軍的魔爪，而且他們的下一步計劃正是前往利比亞的第二座工廠回收神經毒素，厄普西隆也更想不到拉什迪也還存活於世。

這一系列的動亂使天蠍組織對非洲的控制土崩瓦解，為了一勞永逸解決天蠍組織游擊隊的騷擾，厄普西隆軍開始準備部署新的心靈信標增幅器來接管非洲地區。

大反抗軍在逃離克什米爾一週之後成功與哈薩克境內的部隊匯合，他們趕往舍甫琴科堡目的是名為“鐵翼”的實驗性超音速噴氣機，雲茹必須要被送往安全的地方與主力部隊匯合，但隨著中亞的不斷動亂造就的混亂局勢，水陸是難以利用的，此時的雲茹也預測控制全球是尤里的終極願景，他的行為也可能是戰爭導向的至關因素，留給大反抗軍的時間所剩無幾。

大反抗軍此時已經抵達舍甫琴科附近，心靈軍團也一同到達，當地的中國部隊的指令也是絞殺叛軍，可以說對於大反抗軍，中亞地區的環境是水深火熱，在摧毀了心靈軍團部署的心靈信標後，大反抗軍一路推進至機場附近，周邊的防禦工事均被摧毀，機場也成功被大反抗軍佔領，不久後，雲茹便乘坐豺狼載具抵達了附近，用了沒多少時間，這架由金川工業開發的鐵翼噴氣機便被劫持，雲茹得以迅速從中亞地區虎口脫險，但這只是回收科技的第一步。

在離開哈薩克後，理事會認為要先前往日本北海道，自從大反抗軍叛逃後，中國就封鎖了其在當地的科技，為了未來，雲茹決定親自前往回收科技並尋求新的盟友。

在不久前透過對科技爭奪一系列戰役中賺的諸多好處的蘇俄，決定將更多的精力放在已經失去了盟軍威脅的歐洲大陸上，蘇軍利用中國的科技也重建了在歐洲各地的聯絡，雖然之前在亞洲地區損失慘重，但是蘇軍仍然是有所獲，在整合了大部分在亞洲的有生力量之後，蘇軍的大部隊得以向歐洲大陸全員進發，而不久後蘇軍便得到了一個奇怪的訊息，拉丁同盟的薩拉戈薩要塞在許久以前遭到了一場匪夷所思的襲擊後淪陷，但是不久後整個薩拉戈薩便成為了一座充滿著死亡與恐懼的鬼城，據倖存者所言所有前往那裡探查的人都被當地感染不明病毒的人，以及各種不明變異生物給嚇跑，兩位上校決定親自帶隊前往調查根源，兩人在率領部隊抵達後才發現，這裡到處瀰漫著不明病毒，誠實內的大量感染體和變異體都充滿著殺意，這座基地原本是厄普西隆總部守衛所接管，但是陷落的原因無從知曉，最終兩位上校找到了傳染源——四座被汙染的克隆缸，在摧毀它們後為了人道主義，他們也殺死了所以被感染的人和變異體。

薩拉戈薩的“生化危機”被二人組解決，廢棄城市也得到了些許寧靜，這也直接阻止了這種病毒在歐洲大陸的蔓延傳播，不久後他們便再次得到命令要前往瑞典與其他部隊匯合。

原來，在重建了歐洲大陸的衛星系統及通訊網路後，蘇軍發現了一些有趣的東西，那便是隱蔽在瑞典-拉普蘭省的發射基地，基地中的火箭發射平臺無疑是厄普西隆從列寧斯克航天基地竊取的，由於盟軍最後的據點倫敦要塞已經陷落，蘇軍可以輕易地轉移部隊，透過幾個周的觀測，蘇軍得出的結論這座基地很有可能是某種運輸樞紐，在之前中國的資料庫中有提及厄普西隆的一名強大心靈能力者，巧合的是，這與莫拉萊斯當初遇見的那名女性士兵非常相似，而且她似乎也憑著強大是能力擊退了太平洋艦隊的攻勢，蘇軍必須弄清楚她是誰，到底從哪裡而來以及這座發射基地的作用，這也是為了光復祖國的一步，蘇軍立即趕到了其附近 這段期間契特卡伊已經被奪取而來的科技強化，它在蘇軍部隊的掩護下成功駭入了厄普西隆基地內的伊利卡拉要塞，不久後契特卡伊便完全掌握了其控制權並稱之為“契特卡拉”，在契特卡拉的協助下，蘇軍成功摧毀了心靈支配儀這個威脅，而後，當地的所有火箭發射平臺都被蘇軍佔領。

經過了蘇軍的一系列研發後，這裡的火箭技術遠比列寧斯克航天區先進，而且也證實了尤里正利用它在地月之間運輸部隊和資源，所以另一個問題便接踵而至，他為什麼要這麼做？

蘇軍推測月球便是厄普西隆軍的總部，或許尤里本人就在那裡即便他不在，蘇軍也堅信能從月球要塞中獲得關於他的情報，蘇聯將軍決定整合部隊利用這座要塞向月球進發。

雖然盟軍已經在維爾京群島擺脫險境，但是這還並沒有結束，在整合了目前為止所截獲的情報後，盟軍得出結論，南非的開普敦確實是厄普西隆的一座巨型軍事樞紐。

但是心靈軍團在亞馬遜熱帶雨林內部署了一座心靈信標增幅器並計劃利用它來控制剛從維爾京群島脫險的盟軍，即使失敗了，當地作為保險措施的核彈發射井也蓄勢待發摧毀悖論引擎。

誠然，派遣超時空軍團兵可以輕而易舉地抹除這三個威脅，但是西格弗裡德擔心超時空技術會落入尤里手中，超時空作戰計劃因此被取消，取而代之的是譚雅和友川紀夫配合行動。

兩座核彈發射井率先被戰鬥經驗豐富的兩位英雄同時摧毀，心靈信標增幅器便失去了保險措施 結果自然不言而喻，心靈信標增幅器也在不久後被摧毀了，失去了這座裝置，尤里也無法竊取天氣控制機了。

但是尤里不會善罷甘休，厄普西隆軍已經在巴西-聖路易斯改裝了一艘火箭並將其填充核燃料準備向悖論引擎發射，從聖胡安撤出的美軍和維爾京群島來的太平洋陣線盟軍正趕往聖路易斯，與此同時，一位指揮官率領部隊前往了安哥拉-賈姆巴，悖論遠征軍雖然實力與日俱增，但是資源的開支已經逐漸匱乏，這次的任務便是在當地收集足夠的資源，儘管非洲大部分地區正處於尤里的嚴密控制下，但是由於某些原因，天蠍組織似乎與尤里的部隊反目並開始了內戰，這種局勢正對盟軍行動有利，在佔領了賈姆巴的所有石油精煉廠後盟軍便獲得了足夠的戰爭資源，當地交戰的天蠍組織和厄普西隆軍也被消滅殆盡，盟軍在安哥拉不僅獲得了大量資源，且得知了天蠍組織已經與尤里反目成仇，這對悖論遠征軍來說無疑是好事成雙，但是眼下還有第二個麻煩需要盟軍派遣部隊處理。

那便是之前亞馬遜行動提及的位於巴西-聖路易斯的改裝核彈，兩支盟軍部隊已經成功在當地登陸，剛剛覆命回來的譚雅和友川紀夫也參與了這次行動，雙方在突破心靈軍團的防線後便建立了前哨站，盟軍先摧毀了提供原料的核子反應爐，又摧毀了保護它的鐵幕裝置，這樣一來，工程師就可以成功佔領火箭控制單元，在奪取了火箭的控制權之後，盟軍發現這原來是一艘太空火箭，雖然不明白它的用途是什麼，至少它不會再對悖論引擎產生威脅了。

彼時的非洲大陸依舊是戰火紛飛，天蠍組織的游擊隊一直在騷擾行動，盟軍的悖論遠征軍也一直在南下沒有停止腳步，尤里認為同時面對這兩者厄普西隆軍將會很難掌握非洲大陸。

盟軍在不久後也對該地展開了攻勢，拉恩也被派往此處的前哨站內，他必須在三軍交戰之勢下啟動附近一座廢棄的心靈信標增幅器，拉恩率部成功啟動了這座心靈信標增幅器，盟軍部隊的進攻也被擊退，藉助著當地的心靈信標作為，當地的所有盟軍和天蠍組織皆被控制。

悖論遠征軍已經接近南非開普敦，厄普西隆軍也在整頓部隊準備迎戰，而拉恩則必須離開扎伊爾-馬尼埃馬，去南極基地中執行更重要的任務，但在途中拉恩發現了為悖論引擎充能的電池，兩支部隊因此出發了。

但是尤里想不到的是，天蠍組織仍然留有殘黨，而之前其部隊尚未完全銷燬的神經毒素廠也是他們的目標，為了生存下去，馬爾翁率領著剩餘的部隊向利比亞-塞卜哈出發了，沒有拉什迪的天蠍組織就無法繼續生產這種神經毒素，為了能繼續與心靈軍團抗衡，馬爾翁決定回收當地的神經毒素，但是盟軍的介入行動讓情況變得錯綜複雜，在進行縝密的規劃後，馬爾翁帶隊成功回收了大量的神經毒素，當然這只是日後進行反擊行動的首要步驟。隨後，馬爾翁等人在撤離戰場後便收到一份來源不明的訊息，雙方在通報了彼此的情況後，馬爾翁便將毒素藏在了雙方商議好的地點，顯然，這是拉什迪留下的訊息，目前馬爾翁他們還沒有足夠的實力來抗衡尤里，所以他們只能繼續躲藏在沙漠某處等待著與新盟友取得聯絡，並尋找機會伺機反攻。