時空發生錯亂，原本處於火影世界觀的不同時間線上不同的忍者們都來到了這個世界。可他們卻不能正常的在這個世界生存下去，他們必須選擇這個世界其中一個人作為他們的“御主”。被選擇的“御主”會擁有那位忍者的其中一項能力，是火遁？飛雷神之術？寫輪眼？忍者也可以透過一種只有“御者”與和他們一樣的穿越過來的忍者發現，這個世界上的普通人也對此一無所知，飛雷神苦無劃破黑夜，一場獨屬於這個世界的忍戰也將開始了·····
